结构性调控必然意味着需要广泛使用超出主流经济学所包含的常规性工具以外的非常规性的工具，例如行政性政策工具、产业和区域性政策工具等，当然，即便是常规性工具也可有结构性用法，例如，有倾向的税收及财政支出政策，将信贷政策与产业政策协调配合使用等[20]。事实上，自本轮金融危机以来，在我国宏观调控中所采用的多工具特点也逐渐为一些国外学者所认可[21]。
不过结构性调控也存在明显的局限性。第一，在某种程度上讲，所谓的结构性调控便意味着存在某种计划的色彩，北京大学中国经济研究中心宏观组[22]就直指结构调整是计划体制的回归，或许短期见效快，但不能真正解决问题。诚然，无论是从理论上还是从实践上，无论是从世界范围的经验还是从中国自己的探索来看，市场的资源配置效率远胜于计划，因此使得人们有理由怀疑计划者是否比分散决策者更能够理性地认清经济环境。这也是为什么主流学者往往将我们主要的结构性调节工具——产业政策仅仅视为一种对市场的扭曲。第二，即便计划者能够更加准确的判断经济形势，其所采用的结构性调节工具也未必能按想象中发挥作用。例如中国对于房地产的调控，尽管政府有意对于资金流入房地产行业进行控制，但是在实际操作过程中却难以阻止影子银行体系对于房地产项目的信贷“输血”。实际上诚如李扬[23]所指出的，影子银行实质上是金融业的创新，这恰恰符合规避型金融创新理论[24]。虽然国务院可以颁发107号文去规范影子银行业务，却不可能真正阻止金融业不断的创新。与之相似，当计划者试图采用结构性调节工具去解决结构性问题时，或许短期有效，长期来看却难以阻止市场主体不断创新的规避行为。
不过并不能因此便简单地否定结构性调控的存在价值。对于上述的第一点局限性来说，分散决策者是否具备足够的理性同样是令人生疑的。自行为与实验经济学逐渐发展繁荣以来，关于理性和非理性的争论不休，也有学者开始重新强调凯恩斯的“动物精神”[25]。此外，不少学者也关注到个人理性与集体（或市场）非理性之间的复杂关系（如，金德尔伯格[2]）。对此，国内有学者对于邓老太案例的研究很能说明问题。在那个典型的庞氏骗局中，许多出资人是能够看清这是一场欺诈游戏的，但却仍然自愿的借款，这是因为人们认为只要能赶在公司死亡前成功脱身，便能获得高额利益，并且公司寿命越长，获利越大[26]。从社会的角度看，投入到邓老太的资金几乎完全是被挥霍了，当然其中也有大量的财富转移到投机者手中，然而从个人的角度看，借钱还是值得考虑的，因为所需考虑的风险的性质完全发生了改变，不再是项目本身的失败概率（100%），而是自己能否在神话破灭前脱手的概率。当然，这是一个极端的例子，但却也为集体（或市场）非理性的存在提供了一定的逻辑分析基础，现实中的资产泡沫往往便是伴随着这种非理性，例如希勒[27]便梳理了历次泡沫经济中存在的“新时代”（New Era）思想。在这种情况下，如果由一个代表公共利益的政府部门出面进行控制便合乎逻辑了。可以认为，政府部门（尤其是在现代经济中）之所以能够作为一个独立的经济主体分离出来，其独特的价值正是在于其站在社会整体立场上解决市场失灵问题，而分散决策者即便具备足够的理性，他们也不会站在如此立场上做决策。从本文所述内容来看，政府存在的合理性同时也给了结构性调控的存在提供了理论基础。当然，考虑到可能带来的市场扭曲，进行结构性调控仍然要审慎行事。
相对来说，第二点局限性（即短期性）将会给结构性调控带来更为实质性的影响，这恰如平抑波动的宏观政策所具有的短期性一样。不过即便存在短期性，结构性调控仍然具有其独特的价值，至少在真正解决问题之前，可以暂时避免问题的进一步恶化，从而降低由于泡沫崩溃所带来的损失。
事实上，真正解决结构性问题的关键是微观规制④。对于结构性资产泡沫，只有充分理清其形成的市场微观基础，在对相关市场主体的微观运行机制有充分把握的基础上，针对性的完善市场经济规则和秩序，从而规范和制约市场微观主体的行为，才能从根本上杜绝泡沫的滋长。仍然以中国政府对于房地产的调控为例。近年来，高房价已成为国人心中最大的负担，例如新京报2013年的调查显示，85.6% 的得票率使得“高房价”成为年轻人第一位的“压力源”⑤。多年来，政府一直致力于抑制房价的过快上涨，这是一个典型的针对资产价格过快上涨⑥进行结构性调控的例子。虽然土地、金融、税收等各种工具纷纷被采用，但是似乎收效并不明显。而2013年新一届领导班子上台以来，政策发生明显转向，在涉及住房问题时并不过多谈论房价，甚至在至关重要的十八届三中全会的《决定》中也并未提及房价。但是其所强调的诸如完善农村产权流转、建立房产数据统一平台、加快房地产立法等，则被专家、媒体普遍称为房地产调控的长效机制。这实际上是现实中利用微观规制调控资产价格的活生生的例子。虽然调控效果有待时间的检验，但是从市场主体的反应来看，可预期对房价有实质性的影响⑦。其实，市场在资源配置中起决定性作用的基础恰恰在于良好的微观规制。
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