2015 年，国务院、财政部出台中期财政规划管理指导意见，标志着中期财政规划从研究和准备阶段进入正式实施阶段。按照国家要求，全国各地也纷纷制定和出台了地方中期财政规划管理的实施意见。上海市政府印发了《关于本市推进中期财政规划管理实施方案的通知》，并从2016 年开始，市、区两级部门全部编制部门三年滚动中期财政规划，财政汇总后编制了涵盖一般公共预算、政府性基金、国有资本经营预算和社会保险基金预算的政府中期财政规划。总体来看，经过中期财政规划的编制，市区财政和部门逐步树立了中期财政规划的理念，工作机制正在逐步建立和完善，但在编制过程中，仍然存在很多难点。
（一）中期财政规划编制的基础不扎实
1. 中期财政收入规划方面，收入预测难度较大
一是近年来国内外经济形势错综复杂，带来了收入预测的较大不确定性。如在政府性基金收入方面，国有土地使用权出让收入一般会占到政府性基金收入70% 以上，土地出让收入与土地收储、转让密切相关，房地产业形势不明朗，土地市场可能波动较大，造成土地出让收入不确定性较大。国有资本经营收入方面的国企实际经营情况，社会保险基金收入方面的社会平均工资增长水平，同样受经济形势影响较大，给预测国有资本经营收入、社会保险基金收入带来一定难度。
二是减税降费、收入划分改革等政策调整因素，对收入预测的影响较大。目前税制改革尚在推进过程中，全面营改增后中央与地方收入划分也处于过渡调整状态，这给财政收入中占比最大的税收收入的准确预测增加了难度；国资国企改革的推进带来的国资收益收缴范围和方式变化，社保政策调整带来的社保缴费费率变化等，相应影响到国有资本经营预算收入、社保基金收入的预测。
三是相比年度收入预算的编制，多年期收入编制的难度增大。目前收入年度预决算之间存在一定的差异，准确预测难度较大。以全国为例，2015 年全国一般公共预算收入预算增长7.3%，决算数增长5.8% ；2016 预算增长3%，执行数增长4.5%。收入测算的时间段从年度拓展到多年后，预测难度相应增大。上级对下级的转移支付是地方收入的重要组成内容，目前这类数据只能参考上年数进行编制。
2. 中期财政支出规划方面，支出限额的确定较难
一是部门重视程度还不高。中期财政是中期预算的过渡形态，而不是法律意义上的多年期预算拨款方案。相比年度预算，部门对中期财政规划的认识不一，部分部门积极性不高，对未来财政年度的支出目标不够清晰，支出规划编制的随意性较大，导致支出规划编制质量不高。
二是部门利益相对固化。中期预算支出规划需要以部门中期政策目标和支出需求测算作为基础。在中期支出规划编制时，部门从主观上不倾向于预测年度的财政支出总额减少，为争取资金分配的主动权有可能多预测支出，以“基数加增长”模式测算支出规划，由此产生政府全局与部门局部利益矛盾。