农村基层组织主要指乡镇和村两级党、政组织，是国家行使权力的末梢，是联系党和政府与农民间的桥梁。从整体看，目前农村基层组织是尽职的，好的和比较好的占多数; 基层干部工资收入低、工作条件差、分担事物杂、十分辛苦，总体上应当肯定。但不能否认“一些基层党组织软弱涣散，少数党员干部理想信念动摇，宗旨意识淡薄，形式主义、官僚主义问题突出，奢侈浪费现象严重”（引自十八大报告）的问题，在农村基层组织中的表现还是相对突出的。
先说一下乡镇政府面临的问题：
1.乡镇政府职能扭曲。与上世纪80年代相比，那时乡镇政府的主要职能是组织农业生产和农田水利建设、征收农业税公粮和“三提五统”、组织和管理本乡教育卫生等公共事业、推广农业技术和农业机械、履行计划生育管理职能等，工作比较“实”。现在这些职能大部分已不存在，仅剩下管理计划生育一项，但目前大多数农民已不愿多生，计划生育管理工作难度下降；新增加的职能主要有维护社会稳定和招商引资，但严格说维护社会稳定工作应当主要属于公安派出所等政法部门工作，招商引资属于市场和企业行为，不能算乡镇政府真正应当承担的职能。《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》第六十一条规定乡镇政府有七项职权，现在逐条看来真正能履行的不多。“实”的工作虽然少了，但由于县级机构越分越细，乡镇“虚”的工作却是越来越多，开会、应酬、接待、汇报、数字、报表以及完成各类文字材料已成为乡镇的重要工作。
2.乡镇机构残缺不全。我国绝大多数法律授予的执法权在县级及以上单位，乡镇政府执法本来就无法可依，所以机构也必然会残缺不全。从本世纪初开始，乡镇有执法收费权的站所已大部分陆续收回县级主管部门，但实际工作中乡镇政府却在缺少执法权的情况下越来越多地承担起了越权执法的任务。
3.乡镇财政有名无实。乡镇财政没有自己的地方税种和税收分成，经费来源全部为县财政拨款，前几年为完成上级税收任务不乏空转、买税，又形成了隐性赤字。开支不小，财力不足，根本谈不上提供公共服务和履行公共管理职能。依我驻村所在乡为例，全乡干部73人，有22人属于财政全额工资，51人县财政只给每人每月540元的补助，公用经费少得可怜，但乡里几乎每天都需接待各方来客，还养了三辆小车，确实十分困难。
4.个别乡镇干部作风散漫。财政全额开支的乡镇干部月工资也就一千多元，差额工资的挣得更少，一些乡镇干部就自己或让亲属另谋生计。县乡干部谋的生计中又有一部分与农业专款有了联系，加上县主管部门和乡镇因为经费不足有时也难免在农业专款中做些文章，就使得部分农业专款在使用时无论找有资质的单位企业也好、集中采购公开招标也罢，都只会增加造价而且降低质量。
基于以上四个方面的原因，再加上上级对乡镇不切实际的过多要求和数不清“一票否决”高悬利剑，使得个别乡镇领导采取欺上压下的做法，用乡镇干部的话叫起到“防火墙”作用。在这面“防火墙”下，下级的真实情况上级了解不到或睁只眼闭只眼；上级的精神和要求也很难贯彻下去。垒“防火墙”的干部工作靠写、数字靠估、经验靠编、荣誉靠吹，其危害可谓大焉。
再说村级组织存在的问题：
1.村干部得不到应有的保障。村干部补贴不多又基本没有上升的渠道；当干部时管事就难免会得罪人，得罪了人惹出了事，乡级一般撑不了腰，尤其是被得罪人上访到市、县，如果不是原则问题，村干部一般会“坐蜡”；在职时得罪人多了，退下来后上级不管、本村人责骂。所以一部分村干部认为没理由和必要去管事。
2.村里没钱办事。农村实行联产承包责任制后，绝大多数村的集体财产早已分光卖尽，原有村办企业或倒闭或卖给了个人，前些年村里办事主要靠向村民收取提留款。国家“费改税”取消村级提留后，提留转变成农业税附加，因为不再用村干部去收钱了，村财务也就上收到了乡镇，实行“村财乡管”。取消农业税后，留在乡镇的农业税附加又变为上级财政对村级的转移支付。这部分钱除给村干部个人补贴外有一部分被乡镇截留，多数村干部甚至不知道还有这么一笔应当属于村使用的资金。一些村庄即便想办点修路打井方面的实事好事，因为没钱也无法实施；
3.村级没有办事自主权。上级下来的专款很多需要农民“一事一议”自筹资金来进行配套，“一事一议”款从农民手里收齐后要把钱交到乡镇或县主管部门指定账户，由乡镇或县主管部门统一管理使用，至于怎么使用村干部和农民一般很少能够参与，却要承担资金使用和报账主体的责任。且往往交的钱不少办的事不好、受上累挨上骂、事倍而功半，使得一些村干部也没什么积极性去办事；
4.部分村干部没精力去管事。村干部一般都有承包土地，有的还或搞养殖、或种大棚、或开小卖部，自家活太多的自然没功夫打理村里工作。这些年又兴时企业家兼任村干部，想法是让其带领群众一同致富，而实际上其中一些企业家当村干部无非是为了自己和县、乡领导混个脸熟，以利于自己企业的发展，精力并不在村。
由于这四个方面的原因，部分村级组织确实作用发挥得不好，有些村说它瘫痪也不为过。
乡镇政府和村级组织目前的现状是多方面因素造成的，自然不能全怪乡村干部。但是，目前这种局面也确实成为农民对社会不满和一些地方党群干群关系恶化的重要原因，应当引起我们的高度关注并认真加以解决。为此我提出以下建议：
一是要正确把握加强党对农村工作领导的科学内涵。党对农村的领导是党运用自身极高的政治权威配给社会资源，引导农民实现政治目标和社会发展的过程。而党在农村的极高的政治权威来自于农民的信任和拥护、是农民赋予的。从这个角度理解，我认为加强党对农村工作的领导实质上是党不断在农民群众中汲取智慧、凝聚力量，进而实现对不适应农村生产力发展的生产关系和上层建筑进行变革和完善，促进生产力发展，实现农民愿望的过程。其遵循的宗旨是全心全意为农民服务。其基本方法，一条是宣传和发动农民，即通过宣传贯彻党的路线方针政策、培育农民集体主义和艰苦奋斗精神、弘扬社会主义新风尚来凝聚农村社会力量；另一条是相信和依靠农民，即通过农民当家作主起来负责、监督党和政府及其工作人员来确保权为民所用。“必须坚持人民主体地位”（引自十八大报告）是党的根本理念，是